В Ubuntu 12.10 точнее в Unity по умолчанию стоит опция запрещающая помещать иконки программ в system tray, иногда Линукс поражает подобными установками. В итоге, после запуска Skype например и свернув его в системный трей, можно потерять программу из вида.

В интернете рекомендуют воспользоваться утилитой dconf, но в моем случае она не помогла, возможно способ работал на ранних Ubuntu.

Разрешить Unity помещать иконки в system tray можно обычной консольной командой, для этого пишем в терминале:

Цитата:gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"

В моем случае права администратора не потребовались.

Эта команда разрешает всем приложениям размещаться в трее, можно дать разрешения только нужным, например Skype:

Цитата:gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['skype']"

Тестировалось на Ubuntu 12.10

В версии Ubuntu 13.04 предыдущий способ выдает ошибку - Схема «com.canonical.Unity.Panel» отсутствует.
Поэтому сначала в терминале вводим:

Цитата:sudo add-apt-repository ppa:timekiller/unity-systrayfix
sudo apt-get update
sudo apt-get upgrade

Обязательно, перезагружаем компьютер.

А потом уже:

Цитата:gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"

И снова, перезагружаем компьютер.

Тестировалось на Ubuntu 13.04 desktop amd64

В 14.04 второй способ тоже выдаёт упомянутую ошибку об отсутствии com.canonical.Unity.Panel